Fatehpur Sikri nằm trên sườn núi đá dài 3 kilômét (1,9 dặm) và rộng 1 km (0,62 dặm), còn thành phố và cung điện nằm trong thành lũy dài 6 km (3,7 dặm) tại ba hướng, hướng còn lại giáp với hồ nước. Kiến trúc của nó mô phỏng theo triều đại Timurid. Ảnh hưởng của vương quốc Gujarati cũng được nhìn thấy trong kiến ​​trúc và trang trí các cung điện của Fatehpur Sikri. Kiến trúc của thành phố phản ánh cả hình thức kiến ​​trúc nội địa Ấn Độ giáo và Hồi giáo phổ biến ở Ấn Độ vào thời điểm đó. Một số công trình quan trọng tại đây có thể kể đến Buland Darwaza (Cổng Chiến thắng). Đó là một cấu trúc nằm ở bức tường phía nam nhà thờ Hồi giáo. Từ bên ngoài, nó cao 55 mét và thấp dần vào phía trong. Nó được thêm khoảng 5 năm sau khi nhà thờ Hồi giáo được xây dựng (từ 1576-1577) như là một mái vòm chiến thắng để kỷ niệm chiến dịch Gujarat thắng lợi. Trung tâm của công trình từ ngoài vào là ba lối vào lớn hình vòm cung, trong đó vòm lớn nhất ở chính giữa được biết đến với tên Cổng Móng ngựa, do phong tục đóng móng ngựa vào cánh cửa gỗ lớn tại đó để gặp may mắn. Phía trước các cổng là những bậc thang khổng lồ còn bên trái là một giếng nước sâu.

Buland Darwaza là lối vào của Nhà thờ Hồi giáo Jama. Đây có lẽ là một trong số những tòa nhà đầu tiên được xây dựng, và thời điểm nó hoàn thành là vào khoảng năm 979 theo lịch Hijri (1571-72). Nó được xây dựng theo phong cách của nhà thờ Hồi giáo Ấn Độ với một sân giữa lớn nằm ở trung tâm. Một điểm khác biệt chính là một Chhatri (vọng lâu) nằm tại thánh đường. Có tổng cộng bảy phần nhà xây lồi ra ngoài, mỗi phần này gồm có ba Mihrab (hốc tường) lớn, trong đó hốc tường lớn nhất được bao phủ bởi một mái vòm, được trang trí và khảm đá cẩm thạch trắng.

Trong sân của nhà thờ Hồi giáo là Lăng mộ Salim Chishti, một lăng mộ đá cẩm thạch trắng của vị thánh Sufi giáo, Salim Chishti (1478-1572). Đó là cấu trúc một tầng xây dựng quanh một phòng hình vuông trung tâm, trong đó là mộ của vị thánh nằm dưới tán cây trang trí bằng gỗ công phu và khảm xà cừ, hiên đi vòng xung quanh có mái che dốc. Mặt tường phía nam là Jali là cấu trúc lưới bằng đá phức tạp nằm ở hai bên cửa vào. Công trình chịu ảnh hưởng từ kiến trúc lăng mộ của Vương quốc Gujarat đầu thế kỷ 15. Các đặc điểm nổi bật khác là khung đỡ hình rắn hỗ trợ mái hiên dốc che hiên đi vòng xung quanh.

Bên trái của lăng mộ, về phía đông là một ngôi mộ bằng đá sa thạch đỏ của Islam Khan I, là con trai của Shaikh Badruddin Chisti và cháu trai của Shaikh Salim Chishti. Ông là một vị tướng trong quân đội Mogul dưới triều đại của vua Jahangir. Ngôi mộ được đặt trên đỉnh của một mái vòm, với 36 Chhatri chứa một số ngôi mộ, một số không tên, còn tất cả là của con cháu Shaikh Salim Chisti.

Một công trình khác là Diwan-i-Khas hay Hội trường Thính giả kín là một tòa nhà hình vuông đơn giản với bốn Chhatri nằm ở bốn góc mái nhà. Tuy nhiên, nó nổi tiếng với những cột trụ trung tâm, với trục bát giác đế tròn trên đó được khắc hình học, hoa văn và 36 hình rắn.

Một số cấu trúc khác gồm Ibadat Khana, Anup Talao, cung điện của Mariam-uz-Zamani, Naubat Khana, Panch Mahal (tháp hứng gió năm tầng, trên đỉnh là một chhatri có mái vòm), nhà của Birbal và tháp Hiran Minar.